导演：庵野秀明 / 鹤卷和哉 / 摩砂雪 / 冈村天斋 / 水岛精二 / 大冢雅彦 / 杉山庆一 / 渡边哲哉 / 大原实 / 安藤健 / 石堂宏之 / 羽生尚靖 / 增尾昭一 / 高村彰
主演：绪方惠美 / 林原惠美 / 三石琴乃 / 宫村优子 / 山口由里子 / 立木文彦 / 清川元梦 / 山寺宏一 / 关智一 / 岩永哲哉 / 岩男润子 / 优希比吕 / 长泽美树 / 子安武人 / 石田彰
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。
Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。
